1965
El 14 de diciembre de ese año marcó un punto de inflexión en la historia deportiva de la capital provincial, ya que al vencer a Deportivo Español en cancha de Atlanta por 1 a 0 con gol de Alfredo Obberti a los 38 minutos del segundo tiempo, el Sabalero se aseguró ser el primer equipo de la ciudad de Santa Fe en jugar en la máxima categoría del fútbol argentino.
Una semana después, tras derrotar a Nueva Chicago en Santa Fe por 2 a 1, Colón se coronaba campeón del torneo.
El equipo fue dirigido en gran parte del campeonato por «Pepe» Etchegoyen, y comandado en la última etapa del campeonato por Rodolfo Arauz, tras la suspensión del mencionado DT uruguayo. Colón disputó en aquel certamen 44 partidos, obteniendo 25 victorias, 12 empates y 7 derrotas, con 72 goles a favor y 33 en contra, logrando la sumatoria de 62 puntos.
La formación del Negro en el partido decisivo ante Deportivo Español fue con: Tremonti; Sanitá, Cardoso, Cardozo; S. García, G. Medina, O. Medina, Ríos; Canevari, Obberti, A. Medina.
De esta manera se cumplía el sueño anhelado desde 1948, año en que Colón comenzó a disputar los torneos oficiales de AFA tras su afiliación.
1995
Tras duros años en la segunda categoría del futbol argentino luego del descenso de 1981, finalmente en 1995 llegaría el esperado retorno a la máxima categoría.
De la mano de Nelson Chabay el Sabalero obtendría 52 puntos, producto de 20 partidos ganados, 12 empatados y 10 perdidos, marcando 73 goles a favor y recibiendo 44 en contra. De esta manera, tras disputar los 42 partidos de la temporada, el Sabalero obtendría la tercera posición del Nacional B 1994/1995, clasificando al torneo reducido (octogonal). Allí superaría en cuartos de final a All Boys y en semifinales se impondría frente a Godoy Cruz.
Finalmente disputó la final ante San Martín de Tucumán. El primer partido fue en la Ciudadela, con triunfo de Colón por 1 a 0 con gol de Adrián Marini. La revancha se disputó el 29/07/1995 en el estadio Brigadier López y fue 3 a 1 a favor del Negro con goles de Miguel Gambier en dos oportunidades, y Pedro Uliambre.
El plantel sabalero estuvo conformado por: Leo Díaz y Jorge Vivaldo; Hugo Ibarra, Horacio Ameli, Marcelo Kobistyj, Dante Unali, René Gómez, Claudio Mainardi y Leo Sciacqua; Fabio Giménez, Maximiliano Cuberas, Ricardo Solbes, Gabriel González, Javier López, Jorge González, Adrián Marini, Marcelo Molina y Javier Vergel; Mauricio Risso, Miguel Angel Gambier, Pedro Uliambre, Carlos Segovia, Juan Manuel Suligoy y Jorge Comas.
Este ascenso fue el punto de partida de un marcado crecimiento institucional y deportivo, ya que a partir de tal logro Colón se mantuvo 19 temporadas ininterrumpidas en la máxima categoría, con destacadas actuaciones a nivel local e internacional, acompañado de un notable desarrollo en su infraestructura.
2014
El Torneo de Transición Primera B Nacional 2014 tuvo la particularidad de contar con la participación de 22 equipos (divididos en 2 zonas de 11) y otorgar 10 ascensos a la Primera División.
El equipo fue comandado por Diego Osella hasta la fecha 18. Tras su renuncia luego de una derrota ante Argentinos Juniors, asumió la dirección técnica Reinaldo “Mostaza” Merlo, quien dirigió al equipo en los 4 partidos finales, obteniendo 2 victorias, 1 empate y 1 derrota.
En la lluviosa tarde del 7 de diciembre de 2014 y ante la concurrencia de una multitud en el Cementerio de los Elefantes, Colón derrotó a Boca Unidos de Corrientes por 3 a 0. Todos los goles fueron marcados en el segundo tiempo: Lucas Alario abrió el tanteador de penal, y David “Mago” Ramírez selló el resultado con dos golazos para conseguir el primer puesto de la zona A y volver a la primera división del fútbol argentino en el tiempo récord de seis meses.
Ese día el Sabalero formó con: Jorge Broun; Pablo Cuevas, Germán Conti, Lucas Landa y Franco Lazzaroni; Yamil Garnier, Gerónimo Poblete, Matías Ballini, Mariano Bíttolo; Cristian Pavón y Lucas Alario. Ingresaron desde el banco de suplentes Lihué Prichoda, David Ramírez y Raúl Becerra.